まどれこがフリーズしプログラムが突然終了してしまい、録画対象に選択したウィンドウ選択が保持されたまま解除されない場合の対処方法は、PCを再起動することで録画対象が解除され正常な状態に戻ります。
大変お手数をおかけしますが、よろしければお試しください。